11 октября 2021 г
Тяжелый острый респираторный синдром коронавирус 2 (SARS-CoV-2) Дельта-вариант беспокойства стал глобально доминирующим вскоре после его появления в Индии в начале 2021 года из-за большей трансмиссивности по сравнению с другими вариантами.
Многочисленные отчеты продемонстрировали повышенную передачу варианта Delta с точки зрения обоих эпидемиологических исследований, с геномным наблюдением, раскрывающим распространение Дельты через сообщества, а также аналитическими методами in vitro, где белок шипа этого варианта обладает повышенной аффинностью к ферменту ангиотензин-превращение человека 2 (ACE2) рецептор.
Исследование: Сравнительная приемлемость вариантов SARS-CoV-2 Delta и Alpha в Новой Англии, США. Изображение предоставлено: RUKSUTAKARN studio / Shutterstock.com
Тем не менее, приемлемость варьируется между группами населения в зависимости от врожденной демографии и уровня принятия вакцин. С этой целью недавнее исследование, опубликованное на сервере предварительной печати medRxiv *, сравнивает трансмиссию вариантов SARS-CoV-2 Alpha и Delta в шести штатах Новой Англии в Соединенных Штатах, обнаруживая различия в эпидемиологической динамике, основанной на поведении сообщества.
Об исследовании
В текущем исследовании исследователи сотрудничали с программами эпиднадзора за геномикой в Коннектикуте, штате Мэн, Массачусетсе, Нью-Гемпшире, Род-Айленде и Вермонте. Эти программы предоставили данные о качественной полимеразной цепной реакции с обращенной транскриптазой (RT-qPCR), собранные в ходе пандемии, а также количество новых случаев, обнаруженных для каждого варианта в каждом месте.
Было отмечено, что в каждом штате со временем происходит аналогичное изменение частоты вариантов, причем вариант Alpha становится доминирующим в апреле 2021 года и быстро заменяется вариантом Delta в июне 2021 года. В то время как ряд других незначительных вариантов SARS-CoV-2 составляли большую часть общих инфекций SARS-CoV-2 в течение времени, когда альфа-вариант был доминирующим, вариант Delta представлял 94-100% всех случаев к последней неделе 2021 года и стал более широко доминирующим географически.
Дельта-вариант трансмиссии
Чтобы сравнить приемлемость вариантов Alpha и Delta, группа сузила рассматриваемое время до 90 дней после первого появления каждого варианта. Интересно, что вариант Alpha на первый взгляд, по-видимому, опережает вариант Delta на ранних стадиях вспышки, хотя авторы предполагают, что отсутствие данных наблюдения в это время вызвало переоценку трансмиссии.
В целом, вариант Delta был оценен на 163% более передаваемым, чем вариант Alpha в Вермонте, 151% в Коннектикуте, 98% в Род-Айленде, 95% в штате Мэн, 75% в Нью-Гемпшире и 37% в штате Массачусетс. Великобритания сообщила о повышении трансмиссии варианта Delta на 40-80% на основе эпидемиологических данных, а различия в плотности населения, поглощении вакцин, нефармацевтических вмешательствах и наличии конкурирующих вариантов способствуют наблюдаемому изменению.
Связанные истории
- Инфекция и тяжесть SARS-CoV-2 тесно связаны с носовой микробиотой
- Сравнение вакцин Pfizer, Moderna, J & J, AZ для нейтрализации титра, с Delta и другими вариантами
- Сероэпидемиологическое понимание путей к иммунитету COVID-19
В среднем вариант Delta стал доминирующим в каждом месте в течение 71 дня, что составляет диапазон 54-92 дня по всей Новой Англии. Не было отмечено никакой связи между относительной скоростью появления и инфекциями на душу населения.
Учитывая генетическое сходство варианта Delta в Новой Англии, разница в трансмиссии, вероятно, обусловлена популяционными различиями. Была обнаружена связь между показателями вакцинации и скоростью появления вариантов Delta, причем вариант стал более доминирующим, когда внедрение вакцины было высоким.
Время вспышек вариантов Alpha и Delta, возможно, повлияло на наблюдаемую скорость доминирования вариантов Delta. Это связано с тем, что во время вспышки альфа-варианта ни одна из популяций еще не была вакцинирована, в то время как к апрелю было вакцинировано от 18 до 37% населения.
Поскольку уровень вакцинации увеличился по всей Новой Англии, нефармацевтические меры, такие как блокировки и ограничения на поездки, были ослаблены до появления варианта Delta. Таким образом, эти факторы могли потенциально вызвать появление более высокой трансмиссии.
Улучшенные вирусные нагрузки
Сравнивались данные RT-КПЦР с известным вариантом происхождения SARS-CoV-2. Как сообщалось ранее, вариант Delta был связан с более высокой вирусной нагрузкой, чем альфа или другие варианты.
Это справедливо, даже если учесть возможность снижения вирусной нагрузки в образцах, собранных у людей без недавних инфекций и с использованием различных методов тестирования. Таким образом, большая вирусная нагрузка варианта Delta может быть основной причиной его повышенной переносимости.
Вывод
Хотя полный механизм, лежащий в основе наблюдаемой разницы в трансмиссии вариантов Delta между местоположениями, еще не выяснен, это исследование продемонстрировало, что такие факторы, как реализация и соблюдение нефармацевтических мер и внедрение вакцин, сильно влияют на динамику инфекций SARS-CoV-2. и вспышки.
Авторы предполагают, что, учитывая глобальное доминирование варианта Delta, следующий глобально доминирующий штамм, который заменит его, вероятно, появится из клады B.1.617.2, к которой относится вариант дельты. Однако нельзя предсказать, когда или где появится этот вариант, подчеркивая тем самым важность продолжения геномного наблюдения.
*Важное уведомление
medRxiv публикует предварительные научные отчеты, которые не являются рецензируемыми и, следовательно, не должны рассматриваться как убедительные, руководящие клинической практикой / поведением, связанным со здоровьем, или рассматриваться как установленная информация.
Ссылка на журнал:
- Earnest R., Uddin R., Matluk N. и др. (2021). Сравнительная приемлемость вариантов SARS-CoV-2 Delta и Alpha в Новой Англии, США. medRxiv. doi: 10.1101 / 2021.10.06.21264641, https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.10.06.21264641v1
